Niobrara ist eine Gemeinde in Knox County, im US-Bundesstaat Nebraska. Nach einer Volkszählung 2010 hatte die Gemeinde 370 ständige Einwohner. Niobrara liegt am Südufer des Missouri an der Grenze zu South Dakota und ist Verwaltungssitz der Santee Sioux Reservation, obwohl die Gemeinde außerhalb des Reservatgebiets liegt. Das Reservat liegt mehrere Kilometer östlich davon. Niobrara wurde 1856 als Fort zum Schutz der weißen Siedler vor Indianerüberfällen gegründet. Benannt wurde die Gemeinde nach dem Niobrara Fluss einem Zufluss des Missouri. Ursprünglich wurde das Gebiet der Gemeinde von Ponca Indianern bewohnt.